Медицинская служба была создана на базе Республиканского специализированного отряда по проведению первоочередных аварийно-спасательных работ МВД в 1991 году.
В настоящее время медицинскую службу МЧС образуют 11 подразделений, 6 из которых выезжают для оказания медицинской помощи пострадавшим при чрезвычайных ситуациях, 5 – оказывают амбулаторную медицинскую помощь:

центр медицинского обеспечения РОСН "ЗУБР";
медицинская служба Пинского центра РОСН "ЗУБР";
медицинская служба ГААСУ «Авиация» МЧС;
медицинские службы пожарных аварийно-спасательных отрядов областных управлений МЧС;
медицинские пункты учреждений образования МЧС.

На сегодняшний день в подразделениях медицинской службы МЧС состоит 44 врача и 35 работников из числа среднего медицинского персонала.
Специфика деятельности медицинской службы МЧС аналогична деятельности службы скорой медицинской помощи Министерства здравоохранения. Основным отличием является то, что работники медицинской службы МЧС оказывают медицинскую помощь в зоне чрезвычайной ситуации либо в непосредственной близости от нее при воздействии поражающих факторов.
Для обеспечения управления службой, руководством МЧС в октябре 2005 года принято решение о создании центра медицинского обеспечения.
В настоящее время центр медицинского обеспечения включает отдел медицинской защиты и медико-профилактической работы и отдел медицинского обеспечения аварийно-спасательных работ.

Основными задачами центра медицинского обеспечения являются:

участие в организации и проведении мероприятий медицинского обеспечения аварийно-спасательных работ;
участие в организации и реализации мероприятий медицинской защиты населения;
организация непрерывного обучения работников органов и подразделений по чрезвычайным ситуациям навыкам оказания первой помощи пострадавшим;
участие в организации и проведении комплекса медико-профилактических мероприятий по предупреждению и снижению заболеваемости среди работников.